游戏简介
三大主线厘清EVA所有谜团
「机密档案」随着游戏进行，主线会发展出三个故事：「基本路线」与TV与剧场版故事相同，玩家可以透过主角剑崎的观点，经由与EVA驾驶者与NERV其它成员的互动中，再次体验新世纪福音战士的世界观。在「主角路线」中，与美里、律子和加持曾为同窗的剑崎，发现自己也带有使徒的遗传因子，为此而苦恼着，
并重新思考了自己的方向。「瞳路线」则是透过游戏里另一位新登场的原创角色，参与Dummy System和Dummy Plug开发的科学家加贺瞳的观点，在看到初号机与第14使徒的作战后，感受到的恐怖与威胁感。
庞大剧情架构+EVA知识补完
游戏分章节进行，三个故事共有37话。每个章节的一开始玩家将会获得一定数量的行动点数，无论是进行主线或支线剧情，都会消耗一点行动点数，如果行动点数消耗完毕，却无法完成该章节的主线剧情，游戏即宣告结束。游戏进行的过程中，主角可以提升与真嗣、零和明日香的关系，这也会触发不同的结局。
PC版的「机密档案」还加入了EVA问答游戏，共有三个难度等级，150题与EVA有关的问题。由明日香或零在各难度的题目中各抽出10题，通过3个等级后，就有机会得到精美的CG做为奖励。自认是EVA死忠粉丝的玩家，可以试试看自己对福音战士的了解成度。
剧情发展到一定程度后，玩家有机会看见以3DCG绘制，动画中消失的四号机出现，与初号机展开的精彩对决。而隐藏在NERV内的阴谋与人类补完计划所留下的种种谜团，在「新世纪福音战士-机密档案」中，也会随着玩家的推理，逐步解开。在三部全新剧场版陆续推出前，「机密档案」即将补完EVA遗漏的篇章，一切真相都将得到答案。
